Miejscowość po raz pierwszy wzmiankowana została w 1368 roku i występuje pod nazwą villa Kois (Fekete Nagy, 1934: 134). Nazwa osady utworzona jest od wyrazów villa (po łacinie ‘wieś’) oraz Koysch (nazwa osobowa). W dalszych przekazach pisemnych nazwa wsi występuje w postaci predium Koys (1422), Koytsow (1583), Koyssow (1598), Koiso (1700) (Fekete Nagy, 1934: 134; Marsina-Kušík, 1959: 13/5; MOL, KM, CP, E 158; Hradszky, 1903-04: 175). Na mapach pierwszego mapowania wojskowego z lat 1763-1787 osada wymieniona została jako Kojssov (http://mapire.eu/en/), por. łac. Kojso, węg. Kojso, niem. Koischo, słow. Kojskow (LURHLP, 1773: 223). W rejestrze Jana Lipszky´ego z roku 1808 występuje po węgiersku w postaci Koissó, po niemiecku Koischdorf, po słowacku Koyssow (Lipszky, 1808: 329). W słowniku geograficznym Węgier z 1851 roku miejscowość zapisana jest jako Koissó (Fényes, 1851: 232). W ostatnich latach istnienia Austro-Węgier występuje pod nazwą Kojsó (1863-1913). Po powstaniu Czechosłowacji oficjalnie nazywała się Kojšov, Kolšov (1920), od 1927 roku Kojšov (Majtán, 1998: 134).

Pierwotne osadnictwo wsi nosiło prawdopodobnie charakter niemiecki. Osada była zasiedlona przez Rusinów w XV w. (Marek, 2006: 155). Według wizytacji spiskiego prepozyta Sigraya z 1700 r. w Kojszowie mieszkali Rusini (Hradszky, 1903-04: 260). W słowniku geograficznym Węgier z 1851 roku miejscowość zapisana jest jako rusińska (orosz falu) (Fényes, 1851: 98). Według pierwszego spisu powszechnego Czechosłowacji z 1919 r. we wsi mieszkało 952 Słowaków, 9 Rusinów, 12 Niemców i 5 Węgrów (SMS, 1920: 77). Ostatni spis powszechny Słowacji z 2011 r. podaje w Kojszowie 96% Słowaków (711) (http://census2011.statistics.sk/tabulky.html).

Pierwsi mieszkańcy wsi używali prawdopodobnie języka niemieckiego. Od XV w. w miejscowości rozmawiało się po rusińsku. Według Lexicon universorum regni Hungariae locorum populosorum (odpowiedź na pytanie Quae principaliter in singulis lingva vigeat?) z 1773 r. był w miejscowości używany przede wszystkim język rusiński. Według spisu powszechnego Węgier z 1880 r. język rusiński był dla 939 mieszkańców językiem ojczystym, dla 9 mieszkańców był nim niemiecki, dla 2 słowacki i dla 1 węgierski (Majo, 2012: 60). Ostatni spis powszechny Słowacji z 2011 r. odnotowuje we wsi 98% mieszkańców, który podają język słowacki jako język ojczysty (http://census2011.statistics.sk/tabulky.html).

Wieś była założona na prawie niemieckim w pierwszej połowie XIV w. na gruntach należących do majątku rodu Jekellfalvy (intra metas possessionis Jekelfalwa). Zasadźca wsi był Koyś. W źródłach pisanych pierwszy raz wspomniana w 1368 r. w postaci villa Kois. Pod koniec średniowiecza była zasiedlona przez Rusinów (Marek, 2006: 155). O prawie wołoskim, którym rządziła się wieś od XV w., świadczą następujące powinności, odnotowane w urbarzu z 1583 r.: Tenentur decimam de ovibus (owce) domino magnifico et quilibet colonus oves habens tempore decimationis dat unum caseum (ser) et pro festo Michaelis iterum tenetur caseum. Tenentur etiam dare unam urnam pressi lactis (bryndza) et unam vannam butyri (masło). Tenentur etiam unum vitulum (cielę) et agnum (baranek) unum pro festo Paschatis quilibet oves habens. Tenentur etiam ad arcem dare unam lodicem (koc) (Marsina – Kušík, 1959: 13/5).

Osada rozwinęła się na Spiszu, w Rudawach Spiskich (Górach Wołowskich), 5 km na  południowy wschód od Gelnicy. Położona jest na wysokości 471 m n.p.m. (VSOS 2, 1977: 38). Jej początki sięgają przełomu XIII i XIV w. Powstała na terenach, które należały do szlachty z rodu Jekelfalvy (SPS II, 1968: 58). Wieś opustoszała na początku XV wieku. W pierwszym trzydziestoleciu XVI w. (1529 r.) osada, w tym czasie zapisana jako Koyso, należała do majątku zamkowego w Gelnicy (Števík, 2008: 120). Wołosi osiedli w niej w XV lub XVI w. Według przekazów z 1598 r. w Koyszowie, majątku rodu Thurzo, stało 19 domów (MOL, KM, CP, E 158). W tym czasie był małą wsią na Spiszu. W 1787 r. liczył 106 domów i 751 mieszkańców, w 1828 r. 129 domów i 933 mieszkańców. Na przełomie XVIII i XIX w. należał do powiatu górskiego komitatu spiskiego – Processus Montanus (ŠA-L, SŽ, i. č. 3856). Mieszkańcy przez stulecia zajmowali się pasterstwem, rolnictwem oraz wyrębem drzew (VSOS 2, 1977: 38).

Według dokumentu z 1712 r. był Kojszów bez cerkwi (sine Ecclesia). Informacje o istnieniu kościoła w średniowieczu nie są znane. Drewniana cerkiew była w Kojszowie wybudowana przed 1724 r. (Horváth, 1990: 233), murowana cerkiew św. Piotra i św. Pawla w 1809 r.

Wizytacja kanoniczna z 1712 r.: ...pagus Koyssow ... sine Ecclesia (Visitatio, 1712: 124).

Schematismus z 1898 r.: Par. Ant. Ecc. Mur. propriis sumptibus anno 1809 – 1812 aedeficata ad S.S. Apostolos Petrum et Paulum; 1812 benedicta (Schematismus, 1898: 158).