Miejscowość po raz pierwszy wzmiankowana została w 1366 roku i występuje pod nazwą Jacabvagasa (Marek, 2006: 169). Nazwa osady utworzona jest od wyrazów ‘Jakub’ (nazwa osobowa, po węgiersku Jakab) oraz ‘poręba’ (po węgiersku vágás). W dalszych przekazach pisemnych nazwa wsi występuje w postaci Jacabuagasa, Alsowiakabuagasa, Felsewiakabuagasa (1408), villa (po łacinie ‘wieś’) Iakubian (1497), Wieś Jakubiany (1553), Villa Jakubiany (1564), Wieś Jakubiany (1627), Villa Iakubiany (1664), Villa Jacubian, Wieś Jacubiany (1764) (Fekete Nagy, 1934: 251; Małecki, 1962: 185; Falniowska-Gradowska – Leśniak, 2005: 719;  Wierzbicki, 2011: 257-264; Števík, 2011: 119; Števík, 2012: 50). Na mapach pierwszego mapowania wojskowego z lat 1763-1787 osada wymieniona została jako Jakobsau, Jakubian (http://mapire.eu/en/). W rejestrze Jana Lipszky´ego z roku 1808 występuje po słowacku w postaci Jakubany, Jakubjany, po niemiecku Jakobsau, Jakobau oraz po węgiersku Jakabfalva, Jakubján (Lipszky, 1808: 269). W słowniku geograficznym Węgier z 1851 roku miejscowość zapisana jest jako Jakubján (Fényes, 1851: 146), por. Jakubjan (SGKP, t. 3, 1882: 381). W ostatnich latach istnienia Austro-Węgier występuje pod nazwą Szepesjakabfalva (1892-1913, Szepes – po węgiersku ‘Spisz’, falva – po węgiersku ‘wieś’). Po powstaniu Czechosłowacji oficjalnie nazywała się Jakubiany (1920), od 1948 roku Jakubany (Majtán, 1998: 117).

Pierwotne osadnictwo wsi nosiło charakter słowacki i niemiecki. Osada była odnowiona przez Rusinów w 1497 r. (Števík, 2012: 96). W słowniku geograficznym Węgier z 1851 roku miejscowość zapisana jest jako rusińska (orosz falu) (Fényes, 1851: 146). Według pierwszego spisu powszechnego Czechosłowacji z 1919 r. we wsi mieszkało 78 Słowaków, 1640 Rusinów, 24 Niemców, 33 Węgrów i 9 innych (SMS, 1920: 84). Ostatni spis powszechny Słowacji z 2011 r. podaje w Jakubanach 77% Słowaków (2032),  8% Romów (208) i 7% Rusinów (187) (http://census2011.statistics.sk/tabulky.html).

Pierwsi mieszkańcy wsi używali prawdopodobnie języka słowackiego i niemieckiego. Od odnowienia wsi w 1497 r. mieszkańcy używali języka rusińskiego. Według spisu powszechnego Węgier z 1880 r. dla 2534 mieszkańców językiem ojczystym był język rusiński, dla 55 słowacki, dla 27 niemiecki i dla 45 węgierski (Majo, 2012: 64). Ostatni spis powszechny Słowacji z 2011 r. odnotowuje we wsi 41% mieszkańców, dla których język słowacki jest językiem ojczystym, 26%, którzy podają język rusiński i 25%, którzy podają język romski jako język ojczysty (http://census2011.statistics.sk/tabulky.html).

Wieś była założona na prawie niemieckim w 1322 r. Wówczas żupan Filip Drugeth wydał przywilej lokacyjny dla Jakuba (syna Stefana z Łomnicy) na założenie osady na obszarze wykarczowanego lasu Staphanishau (Kurtyka, 2003: 512). U schyłku średniowiecza, w 1492 r. wieś opustoszała (Števík, 2012: 96). Jakubiany były ponownie osadzone na prawie wołoskim przez starostę Pio­tra Kmitę w 1497 r. O prawie wołoskim, którym rządziły się Jakubiany, świadczą następujące powinności, odnotowane w lustracji z 1564 r.: Pokazał szołtys przywileja 2. Jeden Philippi magistri et comitis de Scepus et Vinar, drugi confirmationem serenissimi principis moderni (Zygmunt II August) na osadzenie nowej wsi wołoski, Petri Kmita de Wisnicze, w którem te kondycyje są opisane: quod quilibet eorum ex domo et agro per fl. 1 solvet, item prandiales communitas tota fl. 1 et unum temlow bryndze, item a 100 ovibus (owce) arietes 5 (barany), pro sculteto vero 2 curias alias koszary in silvis pro pascendis (wypas) ovibus (Małecki, 1962: 185).    

Osada rozwinęła się na Spiszu, w Górach Lewockich, 6 km na południe od Starej Lubowli. Położona jest na wysokości 615 m n.p.m. (VSOS 1, 1977: 504). Jej początki sięgają XIV w. (SPS I, 1967: 503). Powstała na terenach, które należały do majątku zamkowego w Lubowli. Wołosi osiedli w niej w XV w. Pierwsza wzmianka o obecności Wołochów (Rusinów) zachowała się z roku 1497. Od 1412 r. do 1770 r. osada leżała na terenie starostwa spiskiego (lubowelski majątek zamkowy) (Števík, 2012a: 50). W 1564 r. było we wsi 22 kmieci na dworzyskach i 8 kmieci na półdworzyskach, w 1758 r. 178 gospodarzy, 7 zagrodników i 6 chałupników (Małecki, 1962: 185; Chalupecký, 1998: 85). W XVIII w. były Jakubiany dużą wsią na Spiszu. W 1828 r. wieś liczyła 393 domy i 2846 mieszkańców. Na przełomie XVIII i XIX w. należała do dominium Lubowla & Podoliniec komitatu spiskiego – Dominium Lublo & Podolin (ŠA-L, SŽ, i. č. 3856).  W ostatnich dziesięcioleciach XIX w. i na początku XX w. wielu mieszkańców wyemigrowało za granicę. Mieszkańcy przez stulecia zajmowali się pasterstwem i rolnictwem (VSOS 1, 1977: 504).

Drewniana cerkiew była wybudowana pod koniec XV w., murowana cerkiew św. Kosmy i św. Damiana w 1772 r., murowana cerkiew Świętych Apostołów Piotra i Pawła w 1911 r. (SPS l, 1967: 503).

Schematismus z 1898 r.: Eccl. Mur. ad S.S. Cosmas et Damianum an. 1772 sumptibus Patronatus et fidelium erecta et benedicta (Schematismus, 1898: 172).